心血管外科：该科是全军心研所外科，以先天性复杂心脏病的外科治疗为主要特色。如法乐四联症、单心室、右室双出口、大血管转位、二尖瓣闭锁、艾勃斯坦畸形、房室管畸形、永存动脉干等先天性复杂畸形。现已完成体外循环手术15O0O余例;总死亡率为3.8%, 无论是手术例数。还是成功率均达到国际先进水平。先后获国家科技进步一等奖1项。三等奖l项，军队科技进步一、二等奖多项，在国内享有较高的声誉。此外,该科还开展风湿性心脏病瓣膜替换术、冠状动脉搭桥术、大血管重建术等，均达到国内先进水平。
先心病内科：该科是全军心研所内科，以心导管诊断技术及先心病介入治疗为特色。现已完成14000余例次心导管术，死亡率为0.05%，达国内先进水平。除此之外，近年来该科先后开展了先天性肺动脉狭窄扩张术，主动脉狭窄扩张术;动脉导管未闻新栓子堵塞术;房间隔缺损，冠状动脉瘘，肺动静脉瘘封堵术等，均达到国内先进水平。先后获军队、辽宁省二等以上高档次科技成果奖多项。